GRRMのデータのインポート
GrrmData クラス
- class matlanticgrrm.grrmdata.GrrmData(eqlog=None, tslog=None, ptlog=None, comfile=None, poscar=None, constraints=False)[ソース]
GRRMのデータをまとめたクラス
Parameters:
- eqlog: str or path object
*_EQ_list.logのパス.
- tslog: str or path object
*_TS_list.logのパス.
- ptlog: str or path object
*_PT_list.logのパス.
- comfile: str or path object
comパス.FrozenAtomsがある場合に使用する.
- poscar: str or path object
poscarのパス,周期境界条件にする際に使用.
- constraint: bool
Trueの場合,FrozenAtomsが固定される.FixAtomsに設定される.
log2atoms()
- class matlanticgrrm.grrmdata.log2atoms(logfile, comfile=None, poscar=None, constraints=False)[ソース]
GRRMのlogファイルを読み込んでase.Atomsのリストを返す
Parameters:
- logfile: str or path object
*_list.logファイル
- comfile: strr or path object
comファイル.FrozenAtomsがある場合に設定.
- poscar: strr or path object
周期境界条件にする場合(pbc=True)の場合に設定.
- constraint: bool
Trueの場合,FrozenAtomsがase.FixAtomsに設定される.
- 戻り値
ase.Atomsを要素とするリスト.
- 戻り値の型
list
atoms2log()
- class matlanticgrrm.grrmdata.atoms2log(name, ini_list, ts_list, fin_list, com=False, calc_func=None)[ソース]
GRRMの*list.logのようなファイルを作成する
ase.Atomsのリストを読みとり,*EQ_list.logファイルと*TS_list.logファイルを作成する
Parameters:
- name: str
{name}_EQ_list.logの形でファイルを作成する.
- ini_list: list of Atoms
初期構造のase.Atomsのリスト,要素の中にNoneが含まれている場合
- ts_list: list of Atoms
TS構造のase.Atomsのリスト,TS計算がうまくいかなかったものは要素をNone
- fin_list: list of Atoms
終構造のase.Atomsのリスト
- com: bool
Trueにすると,comファイルを作成する. constraintsに設定している部分がFixAtomsになる
- calc_func: functions
calculatorを設定していない場合はcalculatorを返す関数を設定する
get_connections()
EQ クラス
- class matlanticgrrm.grrmdata.EQ(logfile=None, comfile=None, poscar=None, constraints=False)[ソース]
EQの情報をまとめたクラス.
Parameters:
- logfile: str or pathlib.Path
*EQ_list.logファイルパス
- comfile: str or pathlib.Path
*comファイルパス
- poscar: str or pathlib.Path
POSCARまたはCONTCARファイルパス. 周期境界条件(pbc=True)にする場合に設定
- constraints: bool
FrozenAtomsをConstraintsに設定する場合True
- atoms
ase.Atomsオブジェクトを要素とするリスト.
- energies
GRRMで計算されたエネルギー(eV)
- move_chemical_symbols
動かす原子の元素のリスト
- move_positions
動かす原子の座標
- frozen_chemical_symbols
FrozenAtomsの元素のリスト
- frozen_positions
FrozenAtomsの座標
TS クラス
- class matlanticgrrm.grrmdata.TS(logfile=None, comfile=None, poscar=None, constraints=False)[ソース]
TSの情報をまとめたクラス.
Parameters:
- constraints: bool
FrozenAtomsをConstraintsに設定する場合True
その他のプロパティは
EQクラス を参照- atoms
ase.Atomsオブジェクトを要素とするリスト.
- connections
GRRMで計算されたCONNECTIONS
- energies
GRRMで計算されたエネルギー(eV)
- move_chemical_symbols
動かす原子の元素のリスト
- move_positions
動かす原子の座標
- frozen_chemical_symbols
FrozenAtomsの元素のリスト
- frozen_positions
FrozenAtomsの座標