振動解析

ListVibrations クラス

class matlanticgrrm.vibrations.ListVibrations(atoms_list, errorlog, indexes=None, indices=None, name='vib', delta=0.01, nfree=2)

ase.vibrations.VibrationsをAtomsのリストでも使えるようにしたもの

Parameters:

atoms_list (list(Atoms)) : Atomsのリスト errorlog　(str) : logのファイルパス indexex (list) : 計算対象をリストで指定　<--ここまでがListVibrations特有の引数 indices (list) :　動かす原子をリストで指定 <-- ここからがVibrationsの引数aseのDocumentを参照

run()

logの内容[logレベル]

{1} : index未指定 [INFO]

{2} : Atomsのオブジェクトが存在しない [INFO]

{5} : エラー [CRITICAL]

注釈

Imaginary_Frequency.htmlとImaginary_Freq_Idx.txtを出力する. 実行中のnotebookと同じディレクトリにstop.logを作成すると計算を中断する.

summary(html='vib_table.html', pkl=None)

Parameters:

html: str or path object

htmlパス.htmlに表を保存する. Noneの場合は標準出力だが,数の多い場合は推奨しない

pkl:

pickleパス.指定した場合,各構造の虚数振動のモード番号をリストとしてpickleに保存する.

write_mode(n_list=None, savename='vib_all', kT=0.02585199101165164, nimages=30)

trajファイルを作成する

Parameters:

n_list: list of integer

各構造のtrajとして書き出したい振動モードをリストで与える.

Noneの場合, 虚振動を自動判断する.

savename: str

保存ファイル名（拡張子なし）

注釈

n_list=Noneを使う場合,事前にsummary()を実行しておく必要がある.

その他の引数はASEを参照

vib_graphs()

matlanticgrrm.vibrations.vib_graphs(imagess, html='vib_graph.html', is_traj='Reverse.traj', fs_traj='Forward.traj', ts_traj='TS.traj')

Reverse.traj,Forward.traj,TS.trajが作成される.

Reverse.traj,Forward.trajは構造最適化(IRC)を行なうことで始構造, 終構造となる.

Parameters:

imagess: 2D list of Atoms

Atomsの2次元リスト.ListVibration.write_mode()で作成したtrajファイルから用意する.