Atomsリストの保存・読み込み
- class matlanticgrrm.io.formats.lwrite(filename, atoms_list)[ソース]
atoms_listからtrajファイルを作成する
通常はASEのwriteを使用すれば良いが, listの要素にNoneが含まれている場合この関数を使用する. Noneの要素の部分には空のAtomsを挿入される.
Parameters:
- filename: str or path object
trajファイルのパス
- atoms_list: str or path object
保存するAomtsリストの1次元リストまたは2次元リスト
注釈
Noneの要素の部分には空のAtomsを挿入される. 空のAtomsはASEの仕様上, 真偽値でFalseを返すので lwriteで作成したtrajファイルからatoms_listを再生するには
>>> from ase.io import iread >>> atoms_list =z [atoms if atoms else None for atoms in iread("*traj")]
とすれば良い
注釈
atoms_listがimages(Atomsの2次元リスト)の場合はfilenameと同じ名前のpickleファイルも作成される.