Atomsリストの操作

注釈

get_* メソッドを使用した際に発生するpfp_api_client.exception.PFPAPIErrorは, 大抵の場合,無理な構造に対してPFP-APIがforceを計算できないために発生している. そのためエラーが発生した場合には一度構造を確認すると良い.

matlanticgrrm.atomslist.copy(atoms_list)

ase.Atomsのリストをコピーする

Parameters:

atoms_list: list of ase.Atoms

ase.Atomsを要素とするリスト.

matlanticgrrm.atomslist.del_constraints(atoms_list)

全てのconstraintsを削除する

matlanticgrrm.atomslist.get_forces(atoms_list)

各要素(構造)のforcesを出力

matlanticgrrm.atomslist.get_kinetic_energy(atoms_list)

各要素(構造)のkinetic_energyを出力

matlanticgrrm.atomslist.get_positions(atoms_list)

各要素(構造)の座標を出力

matlanticgrrm.atomslist.get_potential_energy(atoms_list)

各要素(構造)のpotential_energyを出力

matlanticgrrm.atomslist.get_total_energy(atoms_list)

各要素(構造)のtotal_energyを出力

matlanticgrrm.atomslist.set_calculator(atoms_list, func)

各要素(構造)にcalculatorを設定する.

Parameters:

atoms_list: list of ase.Atoms

ase.Atomsを要素とするリスト.

func:

calculatorを返す関数.

matlanticgrrm.atomslist.set_cell(atoms_list, cell, scale_atoms=False, apply_constraint=True)

各要素(構造)にconstraint(FixAtoms)を設定する.

Parameters:

atoms_list: list of ase.Atoms

ase.Atomsを要素とするリスト.

cell: Cell object

Cellオブジェクト

matlanticgrrm.atomslist.set_constraints(atoms_list, fix_atoms)

各要素(構造)にconstraint(FixAtoms)を設定する.

Parameters:

atoms_list: list of ase.Atoms

ase.Atomsを要素とするリスト.

fix_atoms: ase.constraints.FixAtoms

FixAtoms

matlanticgrrm.atomslist.set_pbc(atoms_list, pbc)

各要素(構造)にconstraint(FixAtoms)を設定する.

Parameters:

atoms_list: list of ase.Atoms

ase.Atomsを要素とするリスト.

pbc: bool or list

Trueにすると全ての要素に周期境界条件を設定できる

matlanticgrrm.atomslist.translate(atoms_list, displacement)

並行移動する

Parameters:

atoms_list: list of ase.Atoms

ase.Atomsを要素とするリスト.

displacement: list

1*3のリスト[x(float),y(float),z(float)]の場合，全ての構造を同じ変位で並行移動させる． [1*3]*nの2Dリストで与えた場合,各要素ごとに異なる変位で並行移動させることができる．

注釈

破壊的メソッドなので注意!!.特にnote-book形式で実行する場合は慎重に行なう