matlanticgrrm.atomslist のソースコード

# from pfp_api_client.pfp.calculators.ase_calculator import ASECalculator
# from pfp_api_client.pfp.estimator import Estimator, EstimatorCalcMode

def pfp_calculator():
    estimator = Estimator(calc_mode=EstimatorCalcMode.CRYSTAL_PLUS_D3)
    calc = ASECalculator(estimator)
    return calc

def copy(atoms_list):
    """ase.Atomsのリストをコピーする
    
    Parameters:
    
    atoms_list: list of ase.Atoms
        ase.Atomsを要素とするリスト.
    """
    return [atoms.copy() if atoms else None for atoms in atoms_list]

def set_calculator(atoms_list,func):
    """各要素(構造)にcalculatorを設定する.
    
    Parameters:
    
    atoms_list: list of ase.Atoms
        ase.Atomsを要素とするリスト.
    func: 
        calculatorを返す関数.
    """
    for atoms in atoms_list:
        if atoms:
            atoms.calc = func()

def set_constraints(atoms_list,fix_atoms):
    """各要素(構造)にconstraint(FixAtoms)を設定する.
    
    Parameters:
    
    atoms_list: list of ase.Atoms
        ase.Atomsを要素とするリスト.
    fix_atoms: ase.constraints.FixAtoms
        FixAtoms
    """
    for atoms in atoms_list:
        if atoms:
            atoms.set_constraint(fix_atoms)
            
def del_constraints(atoms_list):
    """全てのconstraintsを削除する

    """
    for atoms in atoms_list:
        if atoms:
            del atoms.constraints

def set_pbc(atoms_list,pbc):
    """各要素(構造)にconstraint(FixAtoms)を設定する.
    
    Parameters:
    
    atoms_list: list of ase.Atoms
        ase.Atomsを要素とするリスト.
    pbc: bool or list
        Trueにすると全ての要素に周期境界条件を設定できる
    """
    for atoms in atoms_list:
        if atoms:
            atoms.set_pbc(pbc)

def set_cell(atoms_list,cell, scale_atoms=False, apply_constraint=True):
    """各要素(構造)にconstraint(FixAtoms)を設定する.
    
    Parameters:
    
    atoms_list: list of ase.Atoms
        ase.Atomsを要素とするリスト.
    cell: Cell object
        Cellオブジェクト
    """
    for atoms in atoms_list:
        if atoms:
            atoms.set_cell(cell, scale_atoms=scale_atoms, apply_constraint=apply_constraint)

def translate(atoms_list,displacement):
    """並行移動する
    
    Parameters:
    
    atoms_list: list of ase.Atoms
        ase.Atomsを要素とするリスト.
    displacement: list
        1*3のリスト[x(float),y(float),z(float)]の場合，全ての構造を同じ変位で並行移動させる．
        [1*3]*nの2Dリストで与えた場合,各要素ごとに異なる変位で並行移動させることができる．
        
    Note:
        破壊的メソッドなので注意!!.特にnote-book形式で実行する場合は慎重に行なう
    """
    if type(displacement[0]) == list:
        """各要素に異なる並行移動を行なう"""
        for atoms,d in zip(atoms_list,displacement):
            if atoms:
                atoms.translate(d)
    else:
        for atoms in atoms_list:
            if atoms:
                atoms.translate(displacement)

def get_potential_energy(atoms_list):
    """各要素(構造)のpotential_energyを出力
    """    
    return [atoms.get_potential_energy() if atoms else None for atoms in atoms_list]

def get_total_energy(atoms_list):
    """各要素(構造)のtotal_energyを出力
    """
    return [atoms.get_total_energy() if atoms else None for atoms in atoms_list]

def get_forces(atoms_list):
    """各要素(構造)のforcesを出力
    """
    return [atoms.get_forces() if atoms else None for atoms in atoms_list]

def get_positions(atoms_list):
    """各要素(構造)の座標を出力
    """
    return [atoms.get_positions() if atoms else None for atoms in atoms_list]

def get_kinetic_energy(atoms_list):
    """各要素(構造)のkinetic_energyを出力
    """
    return [atoms.get_kinetic_energy() if atoms else None for atoms in atoms_list]