構造の可視化
visualizeモジュールは化学構造を可視化するためのモジュールである.
可視化のためのいくつかの関数を提供する.
view()1つまたは複数の構造を表示するview_images()1つまたは複数の 動きのある構造 を表示するview_with_index()1つの構造について, 原子ごとのindex番号付き で構造を表示するview_with_coordinate()1つの構造について, 座標付き で構造を表示する
関数 |
取ることのできる引数 |
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Atoms |
Atomsの1Dリスト |
Atomsの2Dリスト |
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例 view
from matlanticgrrm.visualize import *
import ase
from ase.io import read,iread
atoms = read("EQ0.json",format="json")
view(atoms) # Atomsを引数とした場合
atoms_list = [atoms for atoms in iread("EQ_list.json",format="json")]
view(atoms_list) # 1DのAtomsリストを引数とした場合
スライドバーまたはテキストボックスの値を変化させることで複数の構造を表示できる.
例 view_images
from ase.io.trajectory import Trajectory
traj = Trajectory("vib1.0.traj")
images = [atoms for atoms in traj]
view_images(images) # Atomsの1Dリストを引数とした場合
再生ボタン付きで表示される
from ase.io.trajectory import Trajectory
traj_path = ["vib1.0.traj","vib2.0.traj","vib3.0.traj","vib4.0.traj"]
traj_list = [Trajectory(file) for file in traj_path]
images_list = [[atoms for atoms in traj] for traj in traj_list]
view_images(images_list) # Atomsの2Dリストを引数とした場合
スライドバーまたはテキストボックスの値を変化させることで複数の構造を表示できる.
例 view_with_index
atoms = read("EQ0.json",format="json")
view_with_index(atoms)
index番号が表示される
例 view_with_coordinate
atoms = read("EQ0.json",format="json")
view_with_coordinate(atoms)
カーソルを合わせた原子の座標が表示される.