GRRMのデータをインポートする

GRRMのデータのインポート仕方はいくつかある.

簡単に使用できるものから順に挙げる

• log2atoms

• get_connections (取得できるのはCONNECTIONの情報のみ)

• EQ

• TS

• PT

• GrrmData

基本的には log2atoms , get_connections を使えば必要なデータはインポートできる

データのマージ等の操作を行ないたい時は GrrmData を用いる.

log2atoms

log2atoms はGRRMのlogファイルからase.Atomsのリストを作成する関数である.

第二引数にcomファイルを設定する事でFrozenAtomと共に読み込むことができる

from matlanticgrrm.grrmdata import log2atoms

atoms_list = log2atoms("bareCo_EQ_list.log","bareCo.com")

>>> atoms_list
>>> [Atoms(symbols='CH92Al2CoO187Si112', pbc=False),
>>>  Atoms(symbols='CH92Al2CoO187Si112', pbc=False),
>>>  Atoms(symbols='CH92Al2CoO187Si112', pbc=False),
>>>  Atoms(symbols='CH92Al2CoO187Si112', pbc=False),
>>>  ...
>>>  ...]

周期境界条件の場合,poscarの引数にGRRMの計算で使用したPOSCARファイルを指定する.

pbcとcellが自動で設定される.

from matlanticgrrm.grrmdata import log2atoms

atoms_list = log2atoms("bareCo_EQ_list.log","bareCo.com",poscar="POSCAR")

>>> atoms_list
>>> [Atoms(symbols='CH4Al2CoO131Si62', pbc=True, cell=[12.632, 12.632, 26.186]),
>>>  Atoms(symbols='CH4Al2CoO131Si62', pbc=True, cell=[12.632, 12.632, 26.186]),
>>>  Atoms(symbols='CH4Al2CoO131Si62', pbc=True, cell=[12.632, 12.632, 26.186]),
>>>  Atoms(symbols='CH4Al2CoO131Si62', pbc=True, cell=[12.632, 12.632, 26.186]),
>>>  ...
>>>  ...]

get_connections

get_connections はGRRMのCONNECTIONの情報を読み取る

from matlanticgrrm.grrmdata import get_connections

connections = get_connections("bareCo_TS_list.log")

>>> connections
>>> [(1, 2),
>>>  (2, 2),
>>>  (8, 9),
>>>  (1, 13),
>>>  ...
>>>  ...]

GrrmData

EQ,TS,PTの情報を統合したのがGrrmDataクラスである.